Winx Club start in Gardenia, een volks stadje op de planeet Aarde waar het hoofdpersonage Bloom, een roodharige tiener met een sterk karakter, verblijft, samen met haar ouders en haar konijn Kiko. Bloom gaat er naar school, waar Mitzi het voortdurend op haar heeft gemunt, en leidt er een normaal leven.

Op een dag is Bloom ongewild getuige van een gevecht tussen de kwaadaardige oger Knut en zijn helpers, en de fee van zon en maan, Stella. Stella lijkt te verliezen, en Bloom werpt zich in de strijd om haar te verdedigen. Wanneer Bloom echter zelf in het nauw gedreven wordt, focust zij intuïtief al haar aandacht op de oger waardoor ze ongewild een magische straal opwekt die Stella de kans geeft zich te reorganiseren. Samen verslaan ze de oger, maar Stella verliest het bewustzijn en Bloom neemt haar mee naar huis om te herstellen.

Blooms ouders geloven aanvankelijk uiteraard niets van het hele toververhaal, en Bloom zelf denkt dat het allemaal een droom was geweest. Diezelfde avond echter keert Knut terug en probeert Stella nogmaals te verslaan, ditmaal met de hulp van een trol. Opnieuw moeten Bloom en Stella het onderspit delven, maar gelukkig komen de specialisten van Red Fountain opdagen wanneer de situatie uitzichtloos wordt. Zij helpen bij het verslaan van de monsters en brengen hen terug naar Magix, de wereld van feeën, heksen en tovenaars. Stella slaagt erin Bloom en haar ouders overtuigen dat ze beter lessen kan gaan volgen in de feeënschool Alfea om zo haar magische krachten te ontwikkelen. Na aandringen stemmen zij toe, waarna Stella het viertal met behulp van haar magische scepter naar Magix teleporteert. Bloom ontdekt er dat alleen zij wordt binnengelaten omdat haar ouders geen toverkracht bezitten. Zo is ze dus genoodzaakt om alleen verder te gaan, vergezeld van Stella en haar konijn Kiko.

Aangezien Bloom niet ingeschreven is in Alfea moeten Stella en Bloom een smoes verzinnen om toch binnen te geraken. Die oplossing komt er met het afhaken van een andere studente, Veranda, waardoor Bloom ongemerkt haar plaats inneemt. Stella's reputatie zorgt direct voor argwaan, en het is duidelijk dat schoolhoofd Faragonda en assistente Griselda onmiddellijk door hebben wat er gaande is. Bloom kan het direct vinden met de andere meiden op haar en Stella's kamer en verzint een klinkende naam voor de vrolijke groep vriendinnen: Winx.

De drie slechte zusjes Icy, Darcy en Stormy studeren hekserij op Wolkentoren, de school voor heksen. Zij hebben maar één doel voor ogen: het bemachtigen van de sterkste kracht in het universum: de drakenvlam. Het probleem is dat zijn niet weten waar de drakenvlam te vinden is. Ze zoeken die onder andere in Stella's ring en op Alfea, en lopen zo de Winx voortdurend voor de voeten terwijl ze hun kwaadaardige plannen proberen uit te werken. De Winx geven hen de toepasselijke bijnaam Trix, ten name van hun "truukjes" die ze altijd uitvoeren.

Uiteindelijk komen de Trix er achter dat Bloom de drakenvlam bezit. Door een mislukt plannetje worden zij echter door Griffin van school gegooid waardoor zij alle vrijheid krijgen. Zij gebruiken de vacuüms, zeer sterke magische elementen die, als zij gecombineerd worden, elke magische kracht kunnen opslaan en bewaren om de drakenvlam van Bloom te stelen. In een heroïsche strijd waarin Bloom moet kiezen tussen haar pleegouders en de drakenvlam speelt Bloom aldus haar magische krachten kwijt.

De Trix keren terug naar Wolkentoren en zetten Griffin af als schoolhoofd om zelf haar plaats in te nemen, waarna ze van hun nieuwe - gestolen - krachten gebruik maken om het Leger der Duisternis op te roepen, een verzameling schaduwmonsters die, zo zegt de legende althans, nog nooit iemand in de hand heeft kunnen houden. Het Leger wordt onoverwinnelijk geacht maar verdwijnt wanneer één van de heersers (de Trix) vernietigd wordt. Namelijk Icy; Icy wordt verslagen door Bloom, want Bloom heeft de kracht die alles kan overwinnen.

In enkele sterk gefragmenteerde afleveringen ontdekt Bloom gaandeweg het eerste seizoen haar ware identiteit: ze is de laatste prinses van Domino, haar planeet. De nimf Daphne blijkt Blooms zus te zijn, die haar heeft gered van de drie oerheksen ten koste van zichzelf, en nu Blooms beschermengel is.

Op een missie naar Domino ontdekt Bloom zo de ware toedracht, namelijk dat zij de bewaker van de drakenvlam is, maar ook dat haar ouders op planeet Aarde niet haar biologische, maar adoptieouders zijn. Bloom ligt in de knoop met haar verleden en kan zich maar moeilijk inleven in het feit dat ze ongewild de hele magische dimensie zal moeten redden van de ondergang die door de Trix geregisseerd wordt.

De Trix vallen met hun leger Red Fountain aan, waarna schoolhoofd Saladin besluit alle specialisten naar Alfea te evacueren. Daar hergroeperen zij zich met de feeën en wachten, gewaarschuwd door de waternimfen, de finale aanval van de Trix af.

Intussen is Bloom nog steeds op zoek naar haar ware "ik" en komt tot de conclusie dat de drakenvlam diep in haar begraven ligt, en dus eigenlijk niet gestolen kan worden. Wanneer het Leger der Duisternis Alfea aanvalt, en specialisten en feeën op het punt staan te worden verslagen komt Bloom opdagen. In een epische strijd tussen Bloom en Icy waar beiden tot het uiterste gaan en hun ware aard tonen, wordt Icy ten slotte net als haar zusters verslagen, en betekent dit het einde van het Leger der Duisternis. Magix is gered!

Icy, Darcy en Stormy worden berecht en op strafkamp gestuurd naar het lichtrotsklooster waar zij zullen moeten boeten voor hun wangedrag. Op dit punt begint het tweede Winx Club-seizoen.

dit zijn de winx is seizoen 1: