Het tweede seizoen van Winx Club begint waar het eerste eindigde, namelijk de verbanning van de Trix naar het lichtrotsklooster, dat onbereikbaar is via, naar magische normen, "normale" middelen omdat het zich in een andere dimensie bevindt. De Trix kunnen er zich niet aanpassen en zijn wanhopig op zoek naar een manier om te ontsnappen.

In het nieuwe verhaal duiken naast de bekende feeën, heksen en specialisten enkele nieuwe personages op: de specialist Helia, de elfen en - last but not least - Layla (in de Italiaanse versie Aisha genaamd). Zij is eveneens een fee en kan op het nippertje ontsnappen uit de klauwen van een mysterieuze kwade macht, Lord Darkar, door na een zware val op zoek te gaan naar hulp. Zo komt ze op Alfea terecht waar de vijf Winx direct contact leggen met hun nieuwe vriendin en diens magisch gehechte elf: Piff.

Met de hulp van Lord Darkar slagen de Trix er in om te ontsnappen uit het lichtrotsklooster, waarna zij van Lord Darkar zeer sterke, duistere krachten krijgen via een magisch voorwerp: de Gloomix (wat zoveel betekent als mistroostigheid. Ze besluiten wraak te nemen op de Winx door Darkar te helpen zijn plannen uit te voeren.

Layla vertelt over een gigantisch ondergronds kasteel waar de boosaardige Lord Darkar erin geslaagd is andere elfen te gevangen te houden omdat hij klaarblijkelijk iets van hen wilt hebben. Layla noch de Winx weten echter wat dit is, en schoolhoofd Faragonda besluit een reddingsmissie voor de elfen op touw te zetten. Vergezeld van de specialisten Sky en Brandon dalen Bloom, Stella en Layla af tot in de diepste grotten op zoek naar het geheimzinnige kasteel. Hierbij krijgen zij af te rekenen met de intussen welbekende schaduwmonsters. Gelukkig blijkt Layla zelf ook niet te onderschatten magische krachten te bezitten, en kan als fee van de fluïda vloeistoffen beheersen.

Tijdens de reddingsmissie geraakt Brandon in de problemen wanneer een rots afbrokkelt, en stort in een afgrond, waarna Stella hem achterna springt. Bloom, Layla en Sky kunnen hen echter niet terugvinden en besluiten de reddingsmissie voort te zetten zonder hen.

Het drietal maakt echter geen schijn van kans tegen het onmetelijke kwaad dat Lord Darkar bezit, en krijgt op het ogenblik dat zij genoodzaakt zijn de aftocht te blazen hulp van een paladijn met geweldige vleugels, die de Trix verslaat. Dit geeft Bloom, Layla, Sky en de elfen de kans te ontkomen en terug te keren naar de grotten.

Op hetzelfde moment worden Brandon en Stella gered door Sponsus, een Neerlander die toevallig voorbij kwam. Hij besluit hen mee te nemen naar Neerland en voor te stellen aan zijn geliefde prinses Amentia die direct verliefd wordt op Brandon, en hem dwingt tot een huwelijk. Stella slaagt er in om te ontsnappen en hulp te halen, en kan zo met behulp van Amores magische krachten Brandon "redden".

Terug op Alfea ontstaan er direct onbreekbare banden tussen de verschillende feeën en elfen: Bloom en Lockette, Stella en Amore, Flora en Chatta, Musa en Tune, Tecna en Digit, en Layla en Piff. Net als de feeën bezitten ook de elfen unieke krachten die van groot nut zijn tijdens de verdere missies van de Winx.

Faragonda komt er achter wat het uiteindelijke doel van Lord Darkar moet zijn: het in handen krijgen van de vier stukken van de Codex, een magisch voorwerp dat de bezitter, mits correct gebruikt, oneindige macht geeft. De vier stukken liggen respectievelijk verborgen in Alfea, Red Fountain, Wolkentoren en het elfendorp, waardoor Darkar in deze vier plaatsen moet zien door te dringen om zijn doel te bereiken. De Trix proberen in zijn opdracht de vier stukken van de Codex te bemachtigen, en infiltreren dus in de drie scholen en het elfendorp. De specialisten van Red Fountain worden totaal overrompeld en spelen hun deel van de Codex na een kort maar hevig gevecht kwijt.

Gealarmeerd door de diefstal van het eerste deel roept Griffin de feeën ter hulp om het Codexdeel van Wolkentoren te helpen verdedigen. Geen enkele heks wil echter samen werken met de Winx, en door intern geruzie slagen de Trix er in ook het tweede deel van de Codex te bemachtigen.

Met behulp van zijn dubbelspion Avalon besmet Darkar Bloom met een schaduwvirus waardoor zij ongewild de Winx verraadt en het Alfeadeel van de Codex overhandigt aan Darkar. Faragonda moet toegeven dat Tecna's twijfels over de oprechtheid van Avalons dubbelganger correct waren, als de echte uiteindelijk weet te ontsnappen uit het kasteel van Darkar. Via een list kan Darkar Livy, het elfje van de boodschappen overhalen de Trix naar het elfendorp te leiden, waar zij op die manier ook het vierde en laatste deel van de Codex in handen krijgen.

Nu Darkar de vier stukken van de Codex bezit heeft hij nog maar één ding nodig: de energie om alle puzzelstukjes samen te voegen om zo de macht van de Codex te ontketenen. Die energie schuilt in Bloom, die de drakenvlam bezit en dus moet helpen bij deze opdracht.

Tijdens een door Faragonda geregelde vakantie naar de Wildelanden worden de feeën elk geconfronteerd met hun grootste angsten, die zij overwinnen en beloond worden met een Charmix, een magische upgrade voor elke Winx die toegang geeft tot sterkere aanvallen en efficiëntere verdedigingsmethodes. Met behulp van hun Charmix en coördinatie van Timmy kunnen de Winx de Trix verslaan in de Wildelanden. Charmix betekent zoveel als beschermer.

De Winx krijgen hun Charmix in de volgende afleveringen:

• Bloom in aflevering 20, doordat ze haar vriendinnen redt zonder magie.
• Stella in aflevering 21, doordat ze het heeft bijgelegd met Layla.
• Musa in aflevering 21, doordat ze Riven vertrouwt.
• Layla in aflevering 22, doordat ze haar angst om alleen te zijn overwint.
• Tecna in aflevering 22, doordat ze haar ruzie met Timmy bijlegt.
• Flora in aflevering 23, doordat ze, met behulp van Chatta, haar gevoelens vertelt aan Helia.

Met behulp van prinses Amentia's graver kan een reddingsteam van Winx, Neerlanders en specialisten doordringen tot het kasteel van Darkar, waar hij op het punt staat de Codexmagie te activeren. Terwijl de docenten Faragonda, Griffin en Codatorta afrekenen met Darkars schaduwmonsters en de specialisten de weg vrijmaken met hun jagers gaan de Winx Darkar en Dark Bloom achterna door een dimensiepoort. Ze kunnen echter niet verhinderen dat Dark Bloom de spreuk start. Dan komen ook de Specialisten. Als de Realix geactiveerd is, verliest iedereen de hoop, maar door een tussenkomst van prins Sky haalt hij de "goede" Bloom terug door te vertellen wat hij echt voor haar voelt. En Bloom houdt de Realix voor zichzelf en geeft de anderen hun kracht terug. Maar dan springt opeens de samensmelting van de Trix tevoorschijn, ook met de drie Gloomixes. Ze proberen Darkar te verslaan, omdat Darkar ze gebruikte als boodschappenmeisjes en ze wegstuurde. Maar door even niet op te letten werden ze verslagen. Daarna konden de Winx door de bundelingmagie van de Charmix Darkar verslaan.

dit zijn de elfjes: