In seizoen 3 komen de Winx oog in oog te staan met Valtor, een magiër die niet rusten voordat het universum van hem is. Hij werd 17 jaar geleden door het Gezelschap van Licht opgesloten in de Omega Dimensie, de plaats waar alleen de allerslechtsten worden gevangengehouden. De Trix worden daar ook naartoe gestuurd om hun straf uit te zitten. Ze bevrijden Valtor en samen gaan ze het universum veroveren, te beginnen bij Andros, het rijk van Layla. Eerst wil Valtor echter zijn oude krachten ophalen uit Solaria, Stella's koninkrijk. Zijn krachten zijn om goede wezens, zoals de zeemeerminnen die Andros bewaken, kwaadaardig te maken en hun krachten af te tappen. Valtor gaat in een hoog tempo een heleboel planeten langs om daar krachten te halen. Hij weet goed wat vrouwen willen, en koopt zelfs Diaspro om.

Dit seizoen introduceerd de Enchantix, de grootste kracht die een fee kan hebben. Ze krijgt een andere transformatie. Ander kleren en kapsel, en veel mooiere vleugels. De Winx moeten in hun derde jaar op Alfea deze kracht bereiken om over te mogen gaan. Om hun Enchantix te krijgen, moeten de feeën iemand van hun geboorteplaneet redden en daarvoor een offer te doen.

De Winx krijgen hun Enchantix in de volgende afleveringen:

• Layla in aflevering 6, doordat ze zich opoffert voor de koningin van de zeemeerminnen.
• Stella in aflevering 8, doordat ze zich opoffert voor haar vader.
• Musa in aflevering 10, doordat ze zich opoffert om prinses Galatea te redden.
• Flora in aflevering 12, doordat ze zich opoffert voor haar zusje Miele.
• Tecna in aflevering 13, doordat ze zich opoffert om de Omega Dimensie af te sluiten. -> er is nog geen verband gelegt tussen de geboorteplaneet van Techna en de Omega Demensie
• Bloom in aflevering 16, doordat ze haar innerlijke kracht vindt en zelfvertrouwen. (op het drakeneiland, met behulp van een oude vrouw.) omdat ze zich niet opofferde van iemand uit haar genboorteplaneet. is haar Enchantix niet compleet. en zo kan ze bepaalde eigenschappen van Enchantix Feeën niet gebruiken. in de film offert ze zich op voor haar ouders en ontvangt zo haar volledige enchantix

de winx met hun enchantix:

valtor: